Geïnstalleerde toepassingen hebben meestal hun eigen instellingenbestanden, met hun eigen syntaxis, etc. Het is van belang deze bestanden apart te houden van het basissysteem, zodat ze makkelijk gelokaliseerd kunnen worden en beheerd kunnen worden met de hulpmiddelen voor pakketbeheer.
Deze bestanden worden meestal geïnstalleerd in /usr/local/etc. Als een toepassing een uitgebreide verzameling bestanden voor instellingen heeft, wordt er een submap voor aangemaakt.
Bij de installatie van een port of pakket, worden normaliter ook voorbeeldbestanden met instellingen geïnstalleerd. Deze zijn doorgaans te herkennen aan een toevoegsel .default. Als er geen bestaande instellingenbestanden voor de toepassing zijn, kunnen ze gemaakt worden door de .default-bestanden te kopiëren.
Een voorbeeld is de map /usr/local/etc/apache:
-rw-r--r-- 1 root wheel 2184 May 20 1998 access.conf -rw-r--r-- 1 root wheel 2184 May 20 1998 access.conf.default -rw-r--r-- 1 root wheel 9555 May 20 1998 httpd.conf -rw-r--r-- 1 root wheel 9555 May 20 1998 httpd.conf.default -rw-r--r-- 1 root wheel 12205 May 20 1998 magic -rw-r--r-- 1 root wheel 12205 May 20 1998 magic.default -rw-r--r-- 1 root wheel 2700 May 20 1998 mime.types -rw-r--r-- 1 root wheel 2700 May 20 1998 mime.types.default -rw-r--r-- 1 root wheel 7980 May 20 1998 srm.conf -rw-r--r-- 1 root wheel 7933 May 20 1998 srm.conf.default
Aan de grootte van de bestanden is te zien dat alleen srm.conf gewijzigd is. Als later de port Apache wordt vernieuwd, wordt dit bestand niet overschreven.