WRKDIRPREFIX を尊重していることを確認してください。特に、別の port の WRKDIR を参照しているときには気を付けてください。 正しい場所は、 WRKDIRPREFIXPORTSDIR/subdir/name/work です。 PORTSDIR/subdir/name/work や .CURDIR/../../subdir/name/work ではありません。
また、 自分で WRKDIR 定義するときには先頭に ${WRKDIRPREFIX}${.CURDIR} が付いていることを確認してください。