WRKDIR の外に存在するファイルには何も書き込んではいけません。 port のビルド中に書き込み可能なことが保証されているのは WRKDIR の中だけです (書き込み不可のツリー上での port ビルドの例については、 CDROM からの ports のインストール を参照のこと)。 pkg-* ファイルを変更する必要があるときには、 ファイルを上書きするのではなく 変数の再定義により 行なうようにしてください。