Un programma o un comando interagisce con il kernel per fornire l'ambiente e realizzare le funzioni richieste dall'utente. Un programma può essere: un file di shell eseguibile, conosciuto come uno script di shell, un comando interno (built-in) alla shell o un file sorgente compilato in codice oggetto.
La shell è un interprete a linea di comando. L'utente interagisce con il kernel attraverso la shell. Si può scrivere uno script ASCII (testo) in modo tale da essere interpretato da una shell.
I programmi di sistema sono generalmente in forma binaria, compilati partendo da un codice sorgente in C. Questi si trovano in posti come /bin, /usr/bin, /usr/local/bin, /usr/ucb, ecc. Questi comandi forniscono quelle funzionalità che normalmente si pensano essere di Unix. Alcuni di questi sono sh(1), csh(1), date(1), who(1), more(1), ls(1) e molti altri.
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